Αρμόδια Αρχή για την εφαρμογή της Οδηγίας Πλαίσιο περί Υδάτων (ΟΠΥ) έχει ορισθεί το Τμήμα Αναπτύξεως Υδάτων του Υπουργείου Γεωργίας, Φυσικών Πόρων και Περιβάλλοντος. Ένα από τα σημαντικότερα στάδια της εφαρμογής της Οδηγίας είναι τα μέτρα που τα κράτη μέλη μπορούν να επιλέξουν να θεσπίσουν για κάθε περιοχή λεκάνης απορροής ποταμού για την βελτίωση της κατάστασης των υδατικών συστημάτων, στα πλαίσια του προγράμματος μέτρων που απαιτείται σύμφωνα με το Άρθρο 11 παράγραφος 4.

Σύμφωνα με το πιο πάνω της ΟΠΥ έχει θεσπιστεί το 2011 για την Κύπρο Αναλυτικό Πρόγραμμα Μέτρων το οποίο αποτελείται από 153 μέτρα και έχει ως στόχο την επίτευξη των περιβαλλοντικών στόχων της Οδηγίας και την επίτευξη τουλάχιστον Καλής κατάστασης των επιφανειακών υδάτων μέχρι το 2015. Τα ΥΣ τα οποία είναι σε κατάσταση κατώτερη της Καλής και πρέπει να βελτιωθούν, έχουν καθοριστεί το 2009 με την αξιολόγηση των αποτελεσμάτων των προγραμμάτων παρακολούθησης για τα επιφανειακά ύδατα στο πλαίσιο του Άρθρου 8 της ΟΠΥ.

Δύο από τα σημαντικότερα μέτρα είναι τα μέτρα 86 και 87 του Αναλυτικού Προγράμματος Μέτρων που αφορούν την αποκατάσταση υδρομορφολογικών και παρόχθιων χαρακτηριστικών στους ποταμούς. Το ΤΑΥ έχει αναθέσει σε συμβούλους μελετητές τη σύμβαση ΥΥ09/2012 με αντικείμενο την παροχή εξειδικευμένων υπηρεσιών για τον καθορισμό δράσεων υδρομορφολογικής αποκατάστασης και αποκατάστασης παρόχθιων ζωνών υδάτινων σωμάτων (ΥΣ), ετοιμασία των σχετικών Προκαταρκτικών Εκθέσεων Επιπτώσεων στο Περιβάλλον (ΠΕΕΠ), και παρακολούθηση της υλοποίησης των έργων που θα εγκριθούν από την Αναθέτουσα Αρχή.

Οι δράσεις που καθορίστηκαν στην πιο πάνω σύμβαση υλοποιούνται σταδιακά από το 2013.